Periode Uni Soviet membuat komunitas muslim dan asosiasi keagamaan lainnya di Moskow berada di bawah tekanan dan penindasan. Selama periode ini, Masjid Historis dan Rumah Asadullaeva ditutup. Pemerintah hanya "tidak menyentuh" masjid katedral. Namun, Pemerintah Soviet sadar bahwa negaranya perlu membina kerja sama dengan negara-negara muslim. Ada beberapa masjid pada masa Uni Soviet
yang dikunjungi pemimpin-pemimpin dunia, seperti Presiden Mesir Gamal Abdul Nasser, Presiden RI Soekarno, pemimpin revolusi Libya Muammar Gaddafi, dan sebagainya.
Setelah runtuhnya Uni Soviet, ketidakadilan ini mulai diperbaiki. Pembentukan sistem kenegaraan yang baru dan penerapan konstitusi baru Federasi Rusia (1993) bertepatan dengan penciptaan Dewan Mufti Moskow, dan hal ini ditandai dengan dimulainya pembangunan masjid baru, khususnya di ibu kota.
Pada Mei 1993, di Jalan Bolshoi Tatar dibuka kembali peninggalan yang paling penting dari umat Islam di Moskow, yaitu Masjid Historis.